14. srpna 1775 bylo výnosem ruské císařovny Kateřiny II. Záporoží Sich konečně zrušeno. Po znovusjednocení významné části Malé Rusi s ruským státem v roce 1654 byla na Záporožskou armádu rozšířena privilegia, která se těšila dalším ruským kozáckým jednotkám. Záporožští kozáci hráli důležitou roli. Kozáci bránili jižní hranice Ruska, hráli významnou roli ve válkách s Krymským chanátem a Osmanskou říší. Kozáci si proto zachovali jistou autonomii od centrální vlády. Kozáci však uprchlíky, kteří se ukrývali v Zaporozhye Sich, uchránili před pronásledováním carských úřadů. Kromě toho hrozilo povstání proti středu, spojenectví s vnějšími nepřáteli Ruska.
V roce 1709 tedy koshevojský ataman Kost Gordienko a hejtman Mazepa podepsali spojeneckou smlouvu se švédským králem Karlem XII. Zaporizhzhya Sich se připojil k alianci Mazepa a Karla proti Rusku. Došlo k několika střetům mezi kozáky a ruskými jednotkami. Peter dává rozkaz princi Menšikovovi přesunout tři pluky z Kyjeva do Sichu pod velením plukovníka Jakovleva, aby „zničil celé hnízdo výtržníků“. Sich byl zničen a později Peter nedovolil, aby byl znovu postaven. Kozáci založili na územích ovládaných Turky a krymskými Tatary, Kamenskaya (1709-1711) a Aleshkovskaya Sich (1711-1734). Nevydržely však dlouho.
V roce 1733, kdy po vypuknutí války mezi Ruskou říší a Tureckem, krymský chán nařídil kozákům Aljoškovské Sichy jít na ruské hranice, generál Veisbakh (v té době se zabýval stavbou ukrajinského řada pevností) předal kozákům osvědčení v traktu Krasny Kut, 4 versty ze staré Chertomlytskaya Sich. Kozáci obdrželi dopis od císařovny Anny Ioannovny o milosti a přijetí do ruského občanství. V důsledku toho byl vytvořen Nový (Podpolnenskaya nebo Pidpilnyanskaya) Sich, který existoval až do konečného zničení Zaporozhye Sich v roce 1775.
Nový Sich byl velmi odlišný od starého. Stala se nejen vojenským, ale i ekonomickým a politickým organismem. Kozáci dostali plnou samosprávu a pozemky k osídlení. Objevily se nové struktury - „palanques“. Jednalo se o jakési „provincie“Sichů v Samaře, Miusovi, Bugovi, Inguletovi atd. Každé palánce vládl plukovník, esaul a úředník, kteří byli podřízeni Koshovi. Byla to země, která se stala hlavním zdrojem příjmů kozáků, ne plat. V blízkosti Sichů se usadili „winterchakové“- ženatí kozáci, neměli ani volební právo v parlamentu, ani právo být voleni do funkce a byli povinni platit „kouř“do sichské pokladnice, tj. druh rodinné daně. Kromě ženatých kozáků se tak začalo říkat mimozemšťanům (hlavně rolníkům, chudým lidem, kteří hledali lepší život), kteří pocházeli z velkoruských provincií, pravobřežní Ukrajiny a tureckého majetku. Nebyli považováni za kozáky, ale byli poddanými Sicha, dodávali jídlo a platili 1 rubl ročně. Obyvatelé Sichu se živili rybolovem, lovem, chovem dobytka, zemědělstvím a obchodem. Předák získal příjem z cel na dovoz zboží, vlastnictví půdy, pastvin, rybaření.
Kozáci poslouchali pouze své vlastní zákony, pro drobné záležitosti byli souzeni v paličkách, pro významné záležitosti - u koshevoye. Pachatel mohl být předán císařským úřadům, ale nejčastěji byli potrestáni sami, a to až k trestu smrti. Sich se rychle stal jedním z rozkvetlých regionů Ruska. Palety byly pokryty vesnicemi a farmami.
V Sichu však také došlo k vážným rozporům mezi předákem a golotem. Carská vláda téměř okamžitě porušila povinnost každoročně vydávat Sich 20 tisíc rublů platu. Již v roce 1738 začali dávat pouze 4-7 tisíc. Zbytek peněz bylo nařízeno zaplatit z armádních prostředků, ale byly prázdné. V důsledku toho úřady začaly podvádět - rozdaly „veřejně“4 tisíce rublů, zbytek peněz byl tajně převeden na předáky, náčelníky kurenů. Kozáci to však rychle zjistili: v roce 1739 svrhli koshevoy Tukal a starší jejich majetek, bili a drancovali (koshevoy byl tak těžce zbit, že brzy zemřel). V budoucnosti mistři nadále bohatli. Zejména koshevoy Kalnyshevsky kdysi prodal 14 tisíc koní ze svých stád. Obyčejní kozáci byli v chudobě, všechny výhody šly ve prospěch předáka.
Obyčejní kozáci pracovali u předáka, lovili ryby a také se vyvíjelo „gaidamastvo“, tedy loupež. V dolním toku Bugu se sbíhaly ruské, turecké a polské hranice, což pomohlo skrýt se po drancování. V padesátých a šedesátých letech minulého století se Gaidamache stal v této oblasti skutečnou katastrofou. Lidé se zkrátka báli cestovat regionem Bug. Z Turecka a Polska se hrnuly stížnosti na kozáky. Pokyny císařských úřadů prostě „šly dolů na brzdy“. Obchod byl velmi výnosný a mnozí mistři a správa palánků byli v podílu. Když v roce 1760 zorganizoval Koshevoy Beletsky pod tlakem ruských úřadů nálet na zajetí lupičů, zatknout se podařilo pouze 40 lidem. A dokonce i tehdy jim kurenští atamani zakázali rozdávat, rozebrali je na kureny a po pokání je propustili. Když ruské vojenské velení zavedlo hlídkování na hranicích s pravidelnou jízdou a příměstskými kozáky, začaly ozbrojené potyčky.
Nastal další důvod konfliktu mezi Sichem a ústřední vládou. V tomto období došlo k aktivnímu rozvoji dříve prázdných oblastí Divokého pole a kozáci začali bránit své „zákonné“země. Svá tvrzení založili na falešné - „kopii z dopisu Stefana Batoryho“, který jim údajně dal půdu poblíž města Chigirin, podél Samary a jižního brouka, levého břehu Dněpru až k Severským donetům. A protože ruští panovníci, počínaje Alexejem Michajlovičem, potvrdili „bývalé záporožské svobody“, začalo se samotné slovo „svobody“interpretovat v územním smyslu. Záporožští kozáci bránící své „zákonné“země se nezastavili před použitím síly. Vypálili několik nových osad a rozptýlili vesničany. V důsledku toho se kozáci jednoduše stali drzými a napadali ústřední vládu. Za Alžběty a hejtmana Razumovského se však z toho dostali.
Za Kateřiny II. Se situace změnila. Vážně se ujala záležitostí uvolněné Ukrajiny. V roce 1763 Hetman Razumovsky, který naznačil dědičný stav svého postu, rezignoval „ze své vlastní svobodné vůle“. Malé ruské kolegium bylo obnoveno. Jeho prezidentem byl jmenován generál P. A. Rumyantsev. Našel obrázek úplného kolapsu na Ukrajině. Vojenská elita, která vládla jménem Razumovského, se jí úplně vymkla z rukou. Z předáků se stali všemocní šlechtici, skuteční místní „knížata“. Dostali se do bodu, kdy spolu bojovali, napadali zemi, vyzbrojovali kozáky a rolníky. Populace byla vystavena nemilosrdnému vykořisťování. Obyčejní kozáci buď zbankrotovali, stali se z nich dělníci na farmě, nebo se zabývali osobním zemědělstvím. Dekret z roku 1721 o podpoře kozácké destilace měl na vojska negativní vliv. Mnoho lidí se vypilo k smrti, jiní vypili své pozemky na pití. V důsledku toho se malá ruská armáda rozložila. Rumyantsev nemohl ani zorganizovat poštu: bohatí nechtěli sloužit, chudí neměli příležitost.
Bylo nutné přijmout opatření k obnovení bojeschopnosti místních vojsk. V roce 1764 začali přeměňovat kozácké jednotky na běžné. Z ukrajinských pluků bylo vytvořeno 5 husarů: černý, žlutý, modrý, srbský a ugorský. Kromě toho byly vytvořeny čtyři pikinerské pluky (Elisavetgradsky, Dneprovsky, Donetsk a Lugansky). Později bylo vytvořeno několik dalších husarských pluků a Landmilitia byla reorganizována na jednotky pěchoty. Ukrajina celkově musela ztratit zvláštní postavení a vyrovnat se s ostatními ruskými provinciemi. Sezení v těchto plánech bylo vážnou překážkou.
Pozornost byla věnována také „státu ve státě“- Záporožskému Sichu. V roce 1764 byl Kosh podřízen Malému ruskému kolegiu. Záporožské administrativě se připisovalo, že již neorganizovala volby. Kozáci byli rozhořčeni a na rozdíl od pokynů uspořádali nové volby a zvolili Kalnyševského jako koshevského. Nový koshevoy šel do Petrohradu bez povolení požadovat přímou podřízenost Zahraničního kolegia a nastolit problém „legálních“zemí Záporoží. Rumyantsev navrhl, aby císařovna zatkla delegáty. Byl vypracován návrh reformy Sich. Catherine však nepřijala tvrdá opatření, blížila se nová válka s Tureckem, nechtěli komplikovat situaci na jihu. Císařovna přijala delegaci laskavě. To inspirovalo kozáky, vrátili se do Sichu a začali se chlubit, že „vyděsili“vládu.
V roce 1767 bylo přijato vypovězení, že Koshevoy Kalnyshevsky a úředník Ivan Globa souhlasili, že pokud vláda nesplní jejich požadavky, zahájí jednání s tureckým sultánem. Catherine nechala vypovězení bez následků, ale osud Sicha už byl předem hotový. Řešení problému bylo pouze odloženo až do konce války s Osmanskou říší.
Samotné vedení Sich zhoršilo její nejistou pozici. Nejenže vyzvala ruské úřady, ale také vstoupila do kontaktu s Krymem a Tureckem. V předvečer války dostali kozáci dopisy od Bakhchisarai a Istanbulu, ve kterých byli v pokušení s možností přestěhovat se do služeb Turecka, slibující trojí plat. Francouzský emisar Totleben navštívil Sich jménem sultána. Kalnyševskij odmítl Turkům, ale korespondenci nepřerušil. Kromě toho dovolil Totlebenovi mluvit s kozáky a nezradil ho Rumjancovovi. Mezi kozáckou masou začal zmatek. Když v prosinci 1768 dostali kozáci pokyn zahájit válku s Tureckem, vzbouřili se. Kalnyševskij musel nejen potlačit vzpouru, ale také požádat o pomoc ruskou posádku z Novosechenského omezení. Nepokoje pokračovaly několik měsíců, kozáci opustili hranice a Tataři v lednu 1769 prorazili na Ukrajinu.
V rusko-turecké válce v letech 1768-1774. Zúčastnilo se 10 tisíc kozáků (asi 4 tisíce dalších zůstalo na území Sichu). Ve válce prokázali vysoké bojové vlastnosti, vyznamenali se průzkumem a nálety a hráli důležitou roli v bitvách Larga a Cahul. Vítězství v této válce bylo dalším důvodem pro vyřazení Záporožské armády. Po uzavření dohody Kuchuk-Kainardzhiyskiy získala Ruská říše přístup k Černému moři, byla vytvořena obranná linie Dněpru, krymský Khanate byl na pokraji zničení. Druhý historický nepřítel Ruska, katolické Polsko, ztratil moc a v roce 1772 došlo k jeho prvnímu rozdělení. Záporožští kozáci ztratili svou roli obránců jižních hranic.
V květnu 1775 byl sbor generála Petera Tekeliho přesunut do Sichu. Operace byla bez krve. Starší, když si uvědomili, že odpor je zbytečný, společně s kněžími uklidnili řadové kozáky. Dekretem Kateřiny byl zrušen Zaporizhzhya Sich. Obyčejní kozáci nebyli pronásledováni. Někteří zůstali na Ukrajině a usadili se ve vesnicích a městech. Někteří velitelé obdrželi důstojnické hodnosti, z předáků se stali šlechtici. Pouze tři kozáci - Kalnyševskij, vojenský soudce Pavel Golovaty a úředník Globa byli odsouzeni za obvinění ze zrady a vyhoštěni do klášterů. Kalnyshevsky žil v Soloveckém klášteře až do věku 112 let a zemřel v roce 1803, přičemž přijal mnišskou důstojnost.
Část kozáků šla pod vládou tureckého sultána k Dunaji a byl vytvořen zadunajský Sich. V roce 1828 přešli podunajští kozáci na stranu ruské armády a osobně je prominul car Mikuláš I. Z nich byla vytvořena Azovská kozácká armáda. V Rusku, během války s Tureckem, Alexander Suvorov v letech 1787-1788. z kozáků bývalého Sicha a jejich potomků zorganizoval „armádu věrných Záporožců“. V roce 1790 byl přeměněn na černomořskou kozáckou armádu a poté získal území levobřežního Kubanu. Kozáci se aktivně účastnili kavkazské války a dalších válek ruské říše.