Po rozpadu Jugoslávie se historická oblast Makedonie, která k ní patřila, stala nezávislým státem, přesněji její hlavní částí (98% tohoto území se shoduje se zeměmi historické Vardarské Makedonie, asi 2% tvoří část Srbska).
Makedonie byla prohlášena za nezávislý stát 17. září 1991 a již v lednu 1992 uspořádali místní Albánci referendum o autonomii osmi regionů této země. V té době (podle sčítání lidu z roku 1991) bylo etnické složení této republiky následující: Makedonci (65,1%), Albánci (21,7%), Turci (3,8%), Rumuni (2,6%), Srbové (2, 1 %), Muslimští Bosňané (1, 5%). Podle sčítání lidu z roku 1994 se počet Albánců zvýšil na 22,9% (442 914 lidí). Žili převážně v severozápadních, severních a některých centrálních oblastech země a tvořili většinu obyvatelstva komunit Tetovo, Gostivar, Debar, Strugi a Kichevo.
V roce 1992 makedonská vláda znepokojená situací v Kosovu požádala OSN o vyslání mírových sil. Této žádosti bylo vyhověno, ale v roce 1998 se situace v zemi prudce zhoršila: bylo zorganizováno 1884 teroristických útoků, při nichž zemřelo asi 300 lidí. 24. května letošního roku našli jednotky vnitřních jednotek ministerstva vnitra Jugoslávie hromadný hrob Srbů a Albánců jim věrných zabitých separatisty poblíž města Presevo. V roce 1999 zde mírové síly OSN ustoupily vojskům NATO. Už tak obtížnou situaci zhoršil příchod muslimských uprchlíků z Kosova do Makedonie. K 17. květnu 1999 bylo v Makedonii 229 300 kosovských Albánců (více než 11% z celkového počtu obyvatel země), ve druhé polovině letošního roku se jejich počet zvýšil na 360 000.
1998-1999 někteří makedonští Albánci bojovali v Kosovu, získávali bojové zkušenosti a navazovali styky s veliteli armády tohoto neuznaného státu. Podle vzoru kosovské osvobozenecké armády si Makedonie vytvořila vlastní ozbrojené útvary (Národní osvobozenecká armáda - PLA). Jejich velitelem byl Ali Ahmeti, který později stál v čele Strany demokratické unie pro integraci.
Makedonie v 21. století
Na konci roku 2000 začali albánští ozbrojenci útočit na makedonské policisty a vojáky. Rebelové na jedné straně chtěli poměrnou účast ve všech státních strukturách, ale na druhé straně obhajovali albánskou autonomii v oblasti města Tetovo a dokonce za sjednocení všech balkánských území obývaných Albánci do jednoho Velká Albánie. Kosovská osvobozenecká armáda také poskytla pomoc makedonským Albáncům.
22. ledna 2001 zaútočili na policejní stanici ve vesnici Tirs poblíž města Tetovo. Nakonec v březnu, po 5 dnech útoků na vládní úřady v okolí Tetova, provedla makedonská armáda vojenskou operaci, která vytlačila jednotky PLA v Kosovu.
28. dubna albánští ozbrojenci poblíž vesnice Bliz Tetovo vypálili granáty a minomety na vojáky z oddělení vlků makedonských bezpečnostních sil hlídkujících na kosovsko-makedonské hranici: 8 makedonských vojáků bylo zabito a dalších 8 bylo zraněno.
A začátkem května vstoupila do země z Kosova takzvaná „113. brigáda PLA“, která obsadila několik vesnic severně od Kumanova.„Osvoboditelé“zajali asi tisíc místních obyvatel, které se chystali použít jako lidské štíty. V důsledku tvrdohlavých bojů se makedonské armádě podařilo porazit Albánce a zničit velitele „brigády“- kosovského Albánce Fadila Nimaniho.
6. června 2001 uprostřed bojů vystřelil terorista, který najel autem do budovy parlamentu ve Skopje autem s bulharskými (sofijskými) poznávacími značkami do kanceláře makedonského prezidenta Borise Traikovského (v té době vůdce byl zde také sociálně demokratický svaz Makedonie Branko Crvenkovsky). Nikdo z nich nebyl zraněn.
K rozuzlení došlo 25. června, kdy byla na příkaz prezidenta zastavena makedonská armáda, která obklíčila vesnici Arachinovo, která byla zajata Albánci: rebelové odešli do autobusů, které jim byly poskytnuty, v doprovodu zástupců EU a NATO, vezouce s sebou zbraně, stejně jako zraněné a zabité ozbrojence.
Téhož večera zaútočil dav Makedonců pobouřený Troikovského „zradou“(čítající několik tisíc lidí) na budovu parlamentu, kde v té době Traikovskij a další nejvyšší představitelé Makedonie jednali s vůdci albánských stran. Tohoto útoku se zúčastnili někteří policisté a vojáci, kteří přijeli z Arachinova, kteří požadovali vysvětlení, proč jim bylo nařízeno propustit odsouzené bojovníky z vesnice. Prezidenta museli evakuovat. Důvod tohoto nepochopitelného řádu se stal známým později. V roce 2002 Glenn Nye, bývalý úředník ministerstva zahraničí amerického velvyslanectví v Makedonii, řekl, že během událostí v červnu 2001 zachránil 26 amerických občanů uvězněných v Arachinovu. Brzy vyšlo najevo, že se jedná o zaměstnance renomované americké soukromé vojenské společnosti Military Professional Resources Incorporated. V srpnu 1995 se její „specialisté“zúčastnili operace Tempest, během níž chorvatská armáda dobyla území srbské Krajiny. A v roce 2008 se zaměstnanci MPRI zúčastnili výcviku gruzínského vojenského personálu a reorganizace armády této země podle standardů NATO.
V současné době je nástupcem MPRI PMC Engility.
Soukromé vojenské společnosti (včetně MPRI) byly projednány v článku „Soukromé vojenské společnosti: slušný obchod vážených pánů“.
5. července 2001 podepsala makedonská vláda a albánští vůdci „Obecnou dohodu“o příměří, kterou ozbrojenci PLA do konce srpna porušili 139krát.
10. srpna vstoupilo z makedonského města Krivinek do Makedonie 600 makedonských Albánců z CHKO a blíže neurčený počet bojovníků kosovského obranného sboru. Další události se nazývaly „Bitva o Raduša“: s pomocí letectví byl tento útok odrazen.
Nakonec byla 13. srpna uzavřena Ohridská dohoda o příměří: makedonská vláda souhlasila se změnou ústavy, která zruší uznání Makedonců jako titulárního národa a zaručí albánskému jazyku oficiální status v oblastech kompaktního albánského pobytu. Tyto dohody byly schváleny makedonským parlamentem 16. listopadu 2001. Stranám se však podařilo dosáhnout konečné dohody až v lednu 2002.
Tyto dohody přinesly zemi pouze „špatný mír“namísto „dobré války“: mezietnické střety stále nejsou neobvyklé, zvláště v červenci 2014, kdy Albánci na několik dní zničili hlavní město země Skopje. Protestovali tedy proti odsouzení spoluobčanů, kteří byli shledáni vinnými ze zastřelení skupiny Makedonců v předvečer Velikonoc 2012.
Úřady moderního Řecka, kde již ve 20. století bylo vyvinuto velké úsilí o helenizaci Jižní Makedonie, po rozpadu Jugoslávie na dlouhou dobu odmítaly nazývat severní část tohoto historického území Makedonií, přičemž trvaly na názvu „Středobalkánská republika““. Sousedům se nějak podařilo dosáhnout kompromisu, takže se na mapě Evropy objevila „Bývalá jugoslávská republika Makedonie“, pod tímto názvem se země připojila k OSN v roce 1993. A teprve nedávno (od 12. února 2019) dostala tato bývalá republika název „Severní Makedonie“.
V současnosti se k pravoslaví hlásí 67% obyvatel Severní Makedonie, 30% jsou muslimové (v době rozpadu socialistické Jugoslávie se k islámu hlásilo 21% obyvatel této republiky).
Autonomní provincie Kosovo a Metohija (Republika Kosovo)
Před osmanským dobytím byly kosovské země jádrem srbského státu; zde se od 14. století až do roku 1767, poblíž města Pec, nacházel trůn srbského patriarchy. Tady, kousek od Prištiny, je místo, které má pro srbský lid skutečně posvátný význam - kosovské pole, po kterém se v roce 1912 během druhé balkánské války někteří srbští vojáci svlékli, zatímco jiní „padli na klekli si a políbili na zem “:
V roce 1945 Tito dovolil Albáncům, kteří se tam usadili během druhé světové války, zůstat v Kosovu. Zde se objevili za následujících okolností: vojáci nechvalně známé dobrovolnické albánské divize SS „Skanderbeg“(o tom v jiném článku) vyhnali z Kosova asi 10 tisíc slovanských rodin a 72 tisíc Albánců ze severních oblastí této země bylo osídleno na "osvobozené" země … Vzhledem k tomu, že Jugoslávie během druhé světové války utrpěla značné ztráty na lidech, vypadalo prohlášení těchto osadníků za občany země rozumným rozhodnutím. Další události však ukázaly, že to byla strašná chyba jugoslávských úřadů a první nepokoje spojené s akcemi Albánců v Kosovu a Metohiji se odehrály již v roce 1981.
Muslimští Slované v Kosovu a Metohiji
Na jihu Kosova a v Metohiji žily kompaktní skupiny muslimských Slovanů: Gorané, Podgoryané, Sredtové a Rafanové, žijící na jihu Kosova a Metohije.
Nejmenší skupinou muslimů v Makedonii jsou Podgorijci - je jich jen asi 3 tisíce. Jedná se o potomky černohorských muslimů, kteří se sem přestěhovali po druhé světové válce, aby žili vedle svých spoluvěřících. Tato skupina obyvatelstva rychle albánizuje a věří se, že se brzy konečně spojí s Albánci. Jejich sousedé, prostřední obyvatelé, kterým se také říká zhuplians, žijí v oblasti Sredskaya Zhupa. Území Goranianů se nachází na jihu Kosova. Na rozdíl od Arnautashes (tj. Albanizovaných potomků části muslimských Srbů Kosova) a jejich sousedů, Opolianů, si zachovali jazyk, kterému říkají balkánsko-slovanský (bulharsko-makedonsko-srbský), i když s četnými výpůjčkami tureckých, Albánská a dokonce arabská slova.
Albánští historici však považují Gorany za Ilyry, Bulhary - Bulhary, Makedonce - Makedonce. Během sčítání lidu si tito lidé sami říkají Goranians, Boshniks, Serbs, a někteří dokonce Turci a Albánci. Kulturně mají Goranové blízko k makedonským torbeshes, bulharským Pomakům a bosenským Slovanům, kteří konvertovali k islámu - Bosňanům (zatímco Bosňané jsou lidé žijící v Bosně a Hercegovině bez ohledu na národnost).
Ve městě Orahovac a jeho okolí žije Rafchane - potomci albánských Slovanů, z nichž mnozí se nyní považují za Albánce, ale mluví prizrensko -jihomoravským dialektem srbského jazyka.
Kosovo jako součást jugoslávské republiky Srbsko
Kosovo a Vojvodina se v Srbsku staly „socialistickými autonomními regiony“.
V roce 1974 Kosovo zvýšilo svůj status, ve skutečnosti získalo práva republiky - až do své vlastní ústavy, právo utvářet nejvyšší orgány a delegace zástupců v legislativních a řídících orgánech Unie. Nová ústava Jugoslávie, která vstoupila v platnost 28. září 1990, deklarovala přednost republikánských zákonů před regionálními, takže kosovská územní a kulturní autonomie. Kosovští Albánci reagovali oznámením o vytvoření nezávislého státu, jehož prezidentem byl zvolen Ibrahim Rugova, a v roce 1996 byla také vytvořena Kosovská osvobozenecká armáda.
Válka v Kosovu a operace Allied Force
V roce 1998 zde vypukla válka, která způsobila záplavu uprchlíků z obou stran.
24. března 1999 bez sankce OSN začala vojenská operace NATO s krycím názvem Allied Force, během níž bylo v Srbsku bombardováno mnoho vojenských a civilních cílů. Trvalo to 78 dní, zapojeno bylo přes 1000 letadel (5 letadel, 16 bezpilotních letadel a 2 helikoptéry byly ztraceny). Celkem bylo provedeno 38 tisíc bojových letů, celkem bylo napadeno asi jeden a půl tisíce osad, bylo použito 3 tisíce řízených střel a 80 tisíc tun bomb, včetně kazetových a ochuzených uranových bomb. Byly zcela zničeny podniky vojensko-průmyslového komplexu a vojenské infrastruktury, ropné rafinerie, sklady ropy, 40 tisíc obytných budov, 422 škol, 48 nemocnic, 82 mostů (včetně všech mostů přes Dunaj), asi 100 různých památek zničen.
Celková hmotná škoda byla asi 100 miliard dolarů. Více než dva tisíce lidí se staly oběťmi bombardování, asi 7 tisíc bylo zraněno.
Během této operace byla v Makedonii umístěna hlavní pozemní skupina sil NATO (12 tisíc lidí pod velením britského generála Michaela Davida Jacksona). Byli to Britové, kteří měli převzít kontrolu nad letištěm Slatina v Prištině, ale přiblížili se k němu o 4 hodiny později než prapor ruských parašutistů (200 vojáků a důstojníků, 8 obrněných transportérů, velitel - S. Pavlov, průzkumná skupina byla velel Yunus-bek Evkurov) slavný „hod“z Bosny (600 km).
Jackson poté odmítl splnit rozkaz amerického generála Wesleyho Clarka (velitele spojených sil NATO) zablokovat letiště a doručit „chybné“údery, přičemž mu odpověděl:
Nezačnu třetí světovou válku.
Úřady Jugoslávie byly nuceny stáhnout vojáky z území Kosova, čímž nad ním fakticky ztratili kontrolu.
Po skončení operace NATO v Kosovu bylo zabito dalších asi 1 000 lidí. Asi 350 tisíc lidí se stalo uprchlíky (200 tisíc z nich jsou Srbové a Černohorci), asi 100 kostelů a klášterů bylo zničeno nebo poškozeno.
17. února 2008 vyhlásil kosovský parlament nezávislost, kterou uznalo 104 zemí světa (včetně Makedonie). 60 států stále považuje Kosovo za autonomní provincii v Srbsku (včetně Ruska, Číny, Indie a Izraele).