Hrozba visící nad skupinami fašistických vojsk na severním Kavkaze a na Krymu přinutila německé velení narychlo je posílit. V takové situaci získala černomořská komunikace pro nepřítele zvláštní význam. V roce 1943 na linkách spojujících jím obsazené přístavy prošlo za měsíc 30 až 200 konvojů, nepočítaje transporty podél Kerčského průlivu. Proto bylo hlavním úkolem sovětské černomořské flotily narušit nepřátelskou komunikaci. V telegramu zaslaném vojenské radě flotily první den roku 1943 lidovým komisařem námořnictva bylo uvedeno, že podle obdržených informací je námořní doprava z Rumunska na Krym a Kerčský poloostrov velmi důležitá nepříteli proto bude v tuto chvíli porušení těchto zpráv velkou pomocí na pozemní frontě …
S využitím bojových zkušeností, které byly získány v letech 1941-1942. (viz článek Akce ponorkových sil Černomořské flotily v prvním období války.) Černomořská flotila včetně jejích podmořských sil pokračovala ve zvyšování úsilí v boji proti nepřátelské komunikaci. V prvních dvou měsících roku 1943 potopily pouze ponorky (ponorky) 11 transportů, dvě škunery, pět vyloďovacích člunů a poškodily dva tankery, transport a nepřátelskou přistávací člun.
Organizačně byly ponorky seskupeny do brigády (BPL) pěti divizních pracovníků. Na začátku roku 1943 v ní bylo 29 ponorek (z toho osmnáct bylo ve službě, zbytek byl v opravě). Vytvoření operační formace pod jediným velením výrazně zlepšilo ovládání ponorkových sil, přípravu lodí na bojové mise i jejich materiálně -technické zabezpečení. Na rozkaz velení námořnictva 9. srpna 1942 byla ponorka vytvořena spojením 1. a 2. brigády a 10. samostatné ponorkové divize.
Porušení nepřátelské námořní dopravy bylo provedeno v obtížné situaci. Fašistické velení den za dnem zvyšovalo intenzitu pohybu konvojů a zároveň podniklo rázná opatření pro jejich bezpečnost. K ochraně konvojů na linkách Sevastopol-Constanta a Constanta-Bosphorus měl nepřítel čtyři torpédoborce, tři torpédoborce, tři dělové čluny, 12 minolovek, 3 protiponorkové a 4 hlídkové čluny, kromě několika dalších lodí přestavěných z civilních lodí. Při komunikaci podél jižního pobřeží Krymu používal nepřítel vysokorychlostní a manévrovatelné přistávací čluny, které byly speciálně znovu vybaveny pro účely protiletadlové obrany a protiletadlové obrany. Během přechodu z Konstanty do Konstantinopole měl pod střechou pouze jeden tanker „Ossag“dva torpédoborce, dva dělové čluny, protiponorkový člun a čtyři minolovky.
Konvoje se pohybovaly hlavně v noci, což komplikovalo ponorkám zahájení torpédových útoků. Doly navíc představovaly vážné nebezpečí. Nacisté, kteří se snažili vytvořit hrozbu pro naše lodě a spoutat jejich činy, pokračovali v těžbě přístupů k Sevastopolu, Evpatorii, Feodosii a Kerčskému průlivu. Celkem bylo v roce 1943 dodáno padesát nových nepřátelských minových polí (asi 6000 min), z toho dvě desítky byly u jižního východu z Kerčského průlivu. Hledání a útok nepřátelských konvojů ztížila také skutečnost, že ponorky sídlící v přístavech kavkazského pobřeží musely provádět dlouhé (až 600 mil) přechody do bojové oblasti.
Přes obtíže černomořské ponorky vytrvale překonávaly nepřátelskou OOP a způsobovaly nepříteli značné škody. Nejlepších výsledků dosáhla posádka D-4 nadporučíka I. Ya. Trofimov, který potopil 3 transporty. Na bojovém účtu dalších ponorek byly: M -111 - 2 transportní lodě a zapalovač; M -112 - přepravní a rychle přistávací člun (BDB); L -4 - BDB a dva škunery; Shch-215-doprava a vysokorychlostní člun.
Ponorky provedly šest důlních východů v roce 1943. 120 min, které umístili v oblastech rušné lodní dopravy, udržovalo Němce a jejich spojence v neustálém napětí, nutilo je provádět neustálé vlečné sítě, narušilo časy výstupu a příjezdu konvojů a vedlo ke ztrátám. Celková škoda způsobená ponorkami na nepřátelské transportní flotile v roce 1943 na černomořských komunikacích činila 33428 reg. brt (registrované hrubé tuny). Za rok 1942 činily tyto ztráty 28007 reg. brt.
V listopadu 1943 bylo u jižního a jihozápadního pobřeží Černého moře instalováno 13 ponorkových pozic, které byly aktivně využívány až do začátku roku 1944. Počet ponorek ve flotile zůstal stejný - 29 jednotek. Ale bylo tam jen 11 bojeschopných lodí, zbytek vyžadoval opravu. Ti v řadách plnili úkoly v souladu s operační směrnicí vojenské rady černomořské flotily ze dne 22. ledna, jakož i s bojovým rozkazem a směrnicí z 23. a 30. ledna 1944. Tyto dokumenty naznačovaly, že ponorkové síly by měly provádět aktivní bojovou práci samostatně a společně s námořním letectvím proti nepřátelským lodím, transportům a plovoucím řemeslům v západní části Černého moře, aby narušily a dokonce přerušily nepřátelskou komunikaci. Následně generální námořní štáb (GMSH) považoval úkol přerušení nepřátelské komunikace za nedosažitelný. Pro jeho úspěch, podle výpočtu velitelství černomořské flotily, pozice vyžadovaly současnou přítomnost tří nebo čtyř ponorek. Ve skutečnosti mohla flotila vyslat na moře pouze 2–3 lodě najednou. Ve stejném období byly ponorky pověřeny prováděním denního operačního průzkumu během pobytu na pozicích i během přechodu. V prvních měsících roku bylo plnění těchto úkolů obtížné kvůli drsným zimním podmínkám. Situaci zhoršily také omezené možnosti oprav lodí. Například během prvních tří měsíců roku nebylo ve službě více než 40% ponorek ze mzdy brigády. V důsledku toho byla účinnost ponorkových operací na nepřátelských komunikačních linkách výrazně snížena a některé posádky lodí musely zůstat na moři až 35 dní.
Za zmínku také stojí, že každý bojový východ sovětské ponorky byl doprovázen silným nepřátelským odporem. Nepřítel disponoval radarovými a hydroakustickými prostředky, širokou sítí rádiových stanic pro určování směru. To vše způsobilo vážnou překážku jednání našich ponorek. Největší nebezpečí představovali lovci ponorek vybaveni hydroakustickým zařízením, nesoucí hloubkové nálože, automatická děla a kulomety velkého kalibru. Čtyři letky nepřátelských hydroplánů se sídlem v Kostnici systematicky prováděly letecký průzkum. Přechody velkých konvojů zpravidla zajišťovalo letectví, které v průběhu konvoje hledalo ponorky.
To vše vzalo na vědomí naše velení, které vyvíjelo a používalo nezbytná opatření k zajištění bezpečnosti ponorek. Byla stanovena zvláštní pravidla pro jejich navigační a bojové operace, specifické pokyny pro velitele. Stanovují požadavky a doporučení charakteristické pro různé situace. Bylo například zakázáno dlouhodobě manévrovat v blízkosti pobřeží v oblastech radarových zařízení, být v polohové poloze za denního světla. Po torpédovém útoku bylo při vyhýbání se pronásledování nařízeno naléhavě se ponořit do maximální možné hloubky nebo jít do temné části obzoru. Implementace těchto a dalších pokynů usnadnila činnost velitelů, zvýšila úroveň jejich taktického výcviku a zajistila vysokou účinnost torpédových útoků.
Jen za první tři měsíce roku 1944 podnikly ponorky 17 bojových misí. V 10 případech měli bojový kontakt s nepřítelem, v 7 provedli torpédové útoky a 6 - v noci. Účinnost akcí sovětských ponorek na nepřátelské námořní trasy v té době mohla být vyšší, kdyby byla zachována těsnější interakce mezi nimi a ostatními silami flotily. Ve většině případů tedy jednali proti nezávisle objeveným nepřátelským lodím a lodím. Shrnutím výsledků bojové práce ponorkových sil za tři měsíce roku 1944 si velitelství černomořské flotily všimlo velmi významné nevýhody: nedostatečné interakce s letectvím. Žádný z 36 konvojů a lodí objevených leteckým průzkumem nebyl namířen na ponorky.
Ponorci vykazovali dobré výsledky během operace k narušení nepřátelské komunikace, prováděné černomořskou flotilou rozhodnutím vrchního velitelského velitelství v dubnu až květnu 1944. Bojovali s konvoji na širém moři a mimo rumunské pobřeží. V první fázi bylo úkolem operace zabránit posílení nepřátelské skupiny na Krymu. Druhá etapa měla za cíl narušit evakuaci 17. německé armády z Krymského poloostrova. Již v březnu začal intenzivní výcvik ponorek, jejichž hlavními složkami byly nucené uvedení opravovaných lodí do provozu a zvýšení taktické gramotnosti důstojníků. S přihlédnutím k nedostatkům zaznamenaným velitelstvím černomořské flotily za první čtvrtletí vydalo velitelství brigády předběžný bojový manuál o interakci v komunikaci ponorek a letectví, vyjasnilo otázky zajištění komunikace s velitelstvím interagujících útvarů a Jednotky. Pečlivě byly vyvinuty také dokumenty operačního řízení, které zejména zajišťovaly spolehlivou (přímou a zpětnou) rádiovou komunikaci mezi velitelským stanovištěm velitele brigády a loděmi na moři s průzkumnými letadly i mezi sebou navzájem. Také ústředí BPL uspořádalo taktickou hru s veliteli divizí a posádek na téma, které odpovídalo plánovanému nepřátelství. V divizích byla zase organizována taktická cvičení s námořními důstojníky.
Černomořská flotila zahájila operaci v noci na 9. dubna. 11.-12. dubna se počet ponorek na moři zvýšil na sedm. O týden později dosáhl celkový počet bojeschopných ponorek 12 a do května -13. Pro ně bylo uříznuto 18 pozic. To umožnilo velitelům ponorek v průběhu operace soustředit ponorky tam, kde byla nejvyšší intenzita provozu nepřátelských lodí. Ponorci museli nezávisle hledat konvoj v rámci svých pozic. V případě, že nepřítel změnil trasy, dal velitel ponorky na základě údajů o leteckém průzkumu velitelům lodí rozkaz k přesunu do jiných pozic. Tento způsob používání ponorek se nazýval polohově manévrovatelný. S nedostatečným počtem lodí, ale s dobrou organizací jejich interakce mezi sebou navzájem a s průzkumnými letadly, poskytoval schopnost ovládat významnou oblast a provádět aktivní operace po celé délce nepřátelské komunikace, která spojovala Sevastopol s rumunskými přístavy.
Významného úspěchu například dosáhli pracovníci gardové ponorky M-35 nadporučík M. Prokofjev.23. dubna člun ze vzdálenosti 6 kabelů vypálil torpéda a potopil tanker Ossag o výtlaku asi 2800 tun, který byl den předtím poškozen našimi letadly. V noci na 10. května, při nabíjení baterií, byl M-35 napaden nepřátelským letadlem. Během jejího ponoru byl vstupní poklop šestého oddílu mimo provoz z výbuchu vysoce výbušných bomb, kterými začala proudit voda. Po odstranění škod pokračovala posádka ve své bojové misi. 11. května torpédoval nepřátelský transport ze 3 kabelových ponorek. Útok byl proveden v noci z hloubky periskopu, což byla neobvyklá taktická technika pro ponorky Černomořské flotily. Dobrých výsledků dosáhly i další posádky. GMSH zdůraznil fakt těsné interakce velitelů ponorek a také jejich rozšířené používání křižování v určených oblastech, což zvýšilo efektivitu vyhledávání a zajistilo rychlé sblížení s nepřítelem.
Pozitivní roli sehrála také souhra ponorek s letectvím, která zasáhla oblasti sousedící se zónami operací ponorek, rádiom je nasměrovala na konvoje a jednotlivé cíle. Se ztrátou přístavů na Krymu nepřítelem byla jeho komunikace výrazně omezena, což způsobilo zúžení oblasti operací sovětských ponorkových sil. Počet jejich pozic se v tomto období často měnil v souladu s intenzitou pohybu nepřátelských lodí a plavidel. Například v červenci existovaly pouze dvě pozice, v srpnu - 5. Nacistům zůstala možnost provádět konvoje pouze mezi čtyřmi přístavy (Sulina - Constanta - Varna - Burgas). Takovou příležitost zajistila jejich přítomnost poblíž pobřeží a silná minová pole umístěná podél těchto linií. Také kvůli své malé délce mohly dokonce pomalu se pohybující nepřátelské lodě urazit uvedenou vzdálenost za jednu noc. Komunikace byly obsluhovány hlavně malými loděmi chráněnými pobřežními bateriemi se solidním zabezpečením a vyznačovaly se nízkým napětím. Od 13. května do 9. září tudy tedy prošlo 80 konvojů a jednotlivých lodí. To vše komplikovalo bojovou práci našich lodí. Během tohoto období operovalo na komunikacích dvanáct ponorek, které měly 21 bojových kontaktů s nepřítelem. Provedli 8 torpédových útoků, během kterých potopili pět nepřátelských lodí.
Akce ponorkových sil Černomořské flotily v roce 1944 potvrdila důležitost a úlohu tohoto druhu sil; představovaly 33% celkové tonáže ztracené nepřítelem v černomořském divadle. Zvláštní roli v boji proti fašistickým konvojům hrály ponorky během krymské operace. Spolu s letectvím zbavili nepřítele možnosti doplnit uskupení vojsk, narušili časový rámec pro provádění aktivních operací a omezili obranu nepřátelských jednotek a formací. Například zničení jednoho středního tankeru zanechalo 1 500 dvoumotorových bombardérů nebo asi 5 000 stíhačů bez paliva.
Úspěch torpédového útoku ponorky výrazně závisel na poloze voleje. Nejlepších výsledků dosáhli velitelé, kteří provedli útok ze vzdálenosti 2–6 kabelů, protože se zvýšením dosahu měl nepřítel, který si všiml torpéda nebo jeho stopy, možnost vyhnout se. Účinnost akcí také závisela na dovednostech, které získali ponorky, a to jak při plnění bojových misí, tak v procesu bojového výcviku. A posledně jmenovanému se v roce 1944 dostalo velké pozornosti. Důležitou roli v růstu dovednosti ponorek hrála důkladná studie a aplikace nasbíraných bojových zkušeností ve vlastní flotile i v jiných flotilách.
Je třeba poznamenat, že podmínky pro provoz ponorek Černomořské flotily během válečných let se ukázaly jako nepříznivé. Komunikace nepřátel se nacházela v pobřežních oblastech, dobře chráněných minovými poli. Úseky vodní cesty mezi přístavy byly krátké a komunikační napětí bylo nízké. Nepřítel k přepravě používal hlavně malé lodě. To vše v kombinaci se silným doprovodem konvojů, které sestávaly z lodí a letadel, ztěžovalo provoz našich lodí.
Na začátku války prakticky nedocházelo k interakci, a to jak mezi ponorkami na moři, tak s ponorkami s letectvím. Od roku 1943 se epizodická povaha takové interakce díky vyzbrojování lodí novými technickými prostředky stává systematičtější. Zvýšila se také strukturální spolehlivost a autonomie ponorkové navigace, což umožnilo, na rozdíl od prvního období války, pokrýt rozsáhlé oblasti navigace relativně malým počtem ponorek.
Torpédové zbraně ruské flotily prokázaly vysokou spolehlivost. Taktické a technické vlastnosti torpédometů, torpéd a odpalovacích zařízení byly také dobré. Současně byly neustále vylepšovány, což způsobilo další rozvoj metod pro používání ponorek a provádění torpédových útoků (od pozičních po pozičně manévrovatelné a křižování v určitých oblastech; od odpálení jediného torpéda po salvovou střelbu s ventilátorem, atd.). Ponorci působili na černomořskou komunikaci nepřítele nepřetržitě, rozhodně a odvážně, což bylo do značné míry zajištěno účelnou stranicko-politickou prací prováděnou v předplavbovém období a přímo na moři na lodích.
Zkušenosti z ponorkových bojových operací během válečných let, a zejména v letech 1943-1944, odhalily řadu nedostatků, které jsou samy o sobě poučné. Bylo tedy nutné zlepšit technické vybavení lodí. Jeho nedostatečnost byla zvláště pociťována během prvního období války. Flotile chyběly dobře vybavené a chráněné základny, stejně jako opravárenské podniky, což omezilo možnost organizovat spolehlivou obranu ponorek v jejich základnách, nepřerušenou a plnou podporu bojových východů a rychlé obnovení bojové účinnosti poškozených lodí. Malý počet ponorek v provozu neumožňoval udržet veškerou černomořskou komunikaci nepřítele pod jejich stálým a plným vlivem.