Jakmile Ukrajina v procesu rozpadu Sovětského svazu vyhlásila nezávislost, okamžitě vyvstala otázka dalšího vlastnictví černomořské flotily námořnictva SSSR - jedné z strategicky nejdůležitějších flotil, která pokrývala jižní hranice SSSR od moře a byl schopen v případě potřeby vstoupit do Středozemního moře.
Několik měsíců před oficiálním ukončením existence SSSR přijal Nejvyšší sovět Ukrajinské SSR „Akt deklarace nezávislosti“, načež republikové vedení začalo vytvářet instituce suverénního státu, včetně ozbrojených sil.
24. srpna 1991 byly na území Ukrajinské SSR rozmístěny všechny ozbrojené útvary sovětské armády a námořnictva, vnitřní jednotky ministerstva vnitra SSSR a pohraniční jednotky KGB SSSR, včetně Krym, byli převeleni k Nejvyššímu sovětu Ukrajiny. V říjnu 1991 rozhodl Nejvyšší sovět Ukrajiny o podřízenosti černomořské flotily námořnictva SSSR Ukrajině.
Mezitím měla černomořská flotila status operativně-strategické asociace, což znamenalo zachování její organizační struktury a jednoty. V souladu s dohodou hlav členských států SNS, podepsanou 30. prosince 1991 v Minsku, získaly všechny země, které vstoupily do SNS, právo vytvářet vlastní ozbrojené síly. Strategické síly, včetně černomořské flotily, však měly zůstat pod jednotným velením generálního velení ozbrojených sil SNS, vytvořeného jako náhrada za zrušené ministerstvo obrany SSSR.
Kyjev však měl s černomořskou flotilou jiné plány. Nově razení vůdci nezávislé Ukrajiny toužili po získání vlastní černomořské flotily, což bylo možné pouze tehdy, pokud bylo vzato v úvahu rozdělení lodí, personálu a majetku černomořské flotily SSSR. A navzdory existenci dohody v Minsku se ukrajinské vedení již na podzim roku 1991 pustilo do kurzu rozdělení černomořské flotily a vytvoření vlastních námořních sil Ukrajiny. Taková pozice se přirozeně nemohla setkat s negativní reakcí nejen z Moskvy, ale také většiny personálu černomořské flotily námořnictva, stejně jako obyvatelé její hlavní základny, hrdinského města Sevastopol, spojený s flotilou.
Situace kolem černomořské flotily se zahřívala. 5. dubna 1992 prezident Ukrajiny Leonid Kravchuk podepsal speciální dekret „O převodu černomořské flotily do administrativní podřízenosti ministerstva obrany Ukrajiny“. Ruský prezident Boris Jelcin reagoval na tento dekret svého ukrajinského kolegy svým dekretem „O převodu černomořské flotily do jurisdikce Ruské federace“, podepsaným 7. dubna 1992. V té době však konfrontace mezi oběma státy nepřekročila vyhlášky. Prezidenti Ruska a Ukrajiny se setkali v Dagomys a po setkání se rozhodli zrušit své dekrety. Pokračovala jednání o osudu Černomořské flotily a vyhlídkách na její rozdělení mezi Rusko a Ukrajinu.
Nejistota ohledně stavu černomořské flotily situaci jen zkomplikovala. Navzdory skutečnosti, že se představitelé obou států dohodli na zahájení postupného formování dvou flotil na základě bývalé černomořské flotily námořnictva SSSR - ruského námořnictva a ukrajinského námořnictva, Kyjev se ze všech sil pokoušel dostat vlastní většinu zbraní a majetku černomořské flotily. Nové ukrajinské úřady zároveň nezastavily všechny druhy provokací proti námořníkům černomořské flotily na Krymu a (zejména) v Nikolajevě a Oděse.
V roce 1992 se Ukrajina pokusila zmocnit nově postavené letadlové lodi Admirál Kuzněcov. V té době byl součástí černomořské flotily, ale připravoval se na nadcházející přechod k severní flotile ruského námořnictva. Kyjev se tomu rozhodl zabránit, když snil o vlastní letadlové lodi. Navzdory skutečnosti, že Ukrajina neměla a nemohla mít přístup k oceánským rozlohám, ambiciózní ukrajinští nacionalisté rozhodli, že si země rozhodně musí pořídit vlastní letadlovou loď.
Pokud ale nacionalisté byli plní ambiciózních plánů, pak se administrativa ukrajinského prezidenta Kravčuka na věci podívala realističtěji. S největší pravděpodobností by „admirál Kuzněcov“, kdyby se v té době dostal do rukou Ukrajinců, brzy prodal například nějakému třetímu státu - Číně nebo Indii. Prezident Leonid Kravchuk zaslal veliteli letadlové lodi „admirálu Kuzněcovovi“speciální telegram, že od této chvíle je loď majetkem ukrajinského státu. Jak velitel letadlové lodi, tak důstojníci posádky se však ukázali být zásadovými a vlasteneckými lidmi.
Pod vedením prvního zástupce velitele severní flotily, viceadmirála Yu. G. Ustimenko zahájil speciální operaci přemístění lodi. V noci, bez jakýchkoli signálů, letadlová loď „Admirál Kuzněcov“opustila Sevastopol a zamířila k Bosporu, přičemž jej minula bez povinné žádosti tureckého velení. Po 27 dnech křížení byla ve Vidyaevu slavnostně uvítána letadlová loď, které se podařilo vyhnout se žalostnému osudu převodu na Ukrajinu.
13. března 1992 došlo k další provokaci. Zástupce velitele ponorkové divize Černomořské flotily kapitán 1. hodnosti Lupakov a asistent velitele pro práci s personálem ponorky B-871 nadporučík Petrenko, který přešel na stranu ukrajinského námořnictva, zkoušel uspořádat ukrajinskou přísahu věrnosti posádkou ponorky B-871. Asi v 19:00 dorazili Lupakov a Petrenko k molu ponorkové brigády v Jižním zálivu Sevastopolu a nařídili ukrajinským opravářům, aby se shromáždili na ponorce, aby odnesli věci veliteli lodi. Důstojníci ponorky a midshipmen byli pozváni „na vážný rozhovor“.
Nikdo z personálu lodi nevěděl, že se pokouší držet ukrajinskou přísahu. Lupakov shromáždil personál lodi a přečetl text ukrajinské přísahy. Pod přísahu však složilo podpisy pouze pět důstojníků a pouze jeden námořník ponorky. Starší asistent velitele lodi, kapitán 3. pozice Leukhin, byl záměrně odstraněn z komunikace s pobřežím, aby nemohl zasahovat do přísahy.
Námořníci ale řekli své vážné slovo. A. N. Zayats a M. N. Abdullin se uzavřel ve čtvrtém oddílu lodi, vypnul větrání baterie a pohrozil, že pokud nedovolené Lupakovovo nezákonné jednání složící ukrajinskou přísahu nepřestane, vyhodí člun do vzduchu. Poté se k nim přidali ostatní námořníci lodi. V důsledku toho byl kapitán 1. hodnosti Lupakov nucen potupně uprchnout z ponorky. Myšlenka nadávat v posádce lodi úplně ztroskotala.
Jednou z nejslavnějších provokací ukrajinských úřadů bylo zabavení 318. praporu rezervních lodí Černomořské flotily, který měl základnu v odesském přístavu. V noci z 10. na 11. dubna 1994 dorazila na místo 318. divize záložních lodí Černomořské flotily 160členná jednotka Bolgradské výsadkové divize Ozbrojených sil Ukrajiny. Ukrajinští parašutisté byli vyzbrojeni automatickými zbraněmi a bojovými granáty. Zatkli opraváře ve službě v praporu, včetně velitele praporu, kapitána 1. hodnosti Olega Ivanoviče Feoktistovova. Ukrajinská armáda požadovala, aby důstojníci a praporčíci divize leželi na podlaze pod hrozbou použití zbraní.
Vojáci ukrajinských ozbrojených sil „přišli“do místností, kde bydlelo asi deset rodin důstojníků a praporčíků divize. Napadeny byly také ženy a děti, například na podlahu byl položen i dvanáctiletý syn velitele praporu Feoktistovova, který vyhrožoval kulometem. Pátrání pokračovalo tři hodiny v prostorách divize, což ve skutečnosti byl spíše psychický nátlak a naprostá loupež. Později se ukázalo, že během prohlídky opraváři a jejich rodinní příslušníci přišli o peníze, zlaté věci, jídlo z ledniček.
Ve dvě hodiny ráno byli námořníci praporu odvezeni vozidly KamAZ na místo ukrajinského vojenského města „Černomorskoe“a důstojníci a praporčíci byli ponecháni na základně praporu. Ráno dostali důstojníci a praporčíci tři minuty na složení přísahy na Ukrajinu. Někteří, zvláště ti, kteří ve městě neměli vlastní domovy, byli nuceni se vzdát - jinak jim hrozilo, že je jednoduše vyhodí na ulici. Mimochodem, velitel praporu kapitán 1. hodnosti Feoktistov byl po prohlídce převezen na kardiologické oddělení místní nemocnice.
Provokace proti 318. divizi záložních lodí je jedním z nejznámějších, ale ne jediným takovým trikem ukrajinských úřadů proti námořníkům - černomořským námořníkům. Ukrajinská armáda se několik let zabývala psychologickým ošetřováním vojenského personálu - důstojníků a praporčíků Černomořské flotily ukrajinské národnosti, kteří byli přesvědčeni hrozbami a sliby skládat přísahu věrnosti Ukrajině. Kyjev si byl dobře vědom toho, že i kdyby za sebou zanechal lodě Černomořské flotily, bylo by jednoduše nemožné je obsluhovat bez kvalifikovaných odborníků. Proto byl stanoven cíl dosáhnout přechodu ke službě v ukrajinském námořnictvu co nejvíce z povolání armády - důstojníků a praporčíků Černomořské flotily.
Velkou roli při zachování černomořské flotily pro Rusko hrál jeho velitel v letech 1991-1992. Admirál Igor Vladimirovič Kasatonov. Je zajímavé, že Igor Kasatonov byl, dalo by se říci, „dědičným“velitelem Černomořské flotily - v letech 1955-1962. tuto pozici zastával jeho otec, admirál Vladimir Afanasjevič Kasatonov. Proto Igor Kasatonov, jako nikdo jiný, neznal, miloval a oceňoval černomořskou flotilu a udělal vše pro to, aby v nejtěžším období 1991-1992. držte to dohromady. Byl to on, kdo vydal rozkaz důstojníkům a námořníkům flotily, aby nesložili přísahu věrnosti Ukrajině.
Kasatonovovi se podařilo navázat efektivní spolupráci černomořských námořníků s veteránskými organizacemi a veřejností města Sevastopol a získat podporu tisku. Navíc prakticky nedostal podporu z Moskvy - Jelcin a jeho doprovod v té době neměli čas na problémy černomořské flotily, kromě toho se Moskva usilovně snažila zlepšit vztahy se Západem a oslabení ruského vlivu v r. jak víme, Černé moře bylo vždy „zlatým snem“nejprve Britů a Francouzů a poté Američanů.
Ukrajině se nakonec podařilo lobbovat za odvolání admirála Kasatonova z funkce velitele černomořské flotily. V roce 1992 odstoupil, byť s povýšením-stal se prvním zástupcem vrchního velitele ruského námořnictva (a tuto funkci zastával až do roku 1999, kdy ve věku 60 let odešel do důchodu).
Viceadmirál Eduard Dmitrievich Baltin, jmenovaný novým velitelem černomořské flotily, však pokračoval v linii svého předchůdce. Baltin se brzy stal předmětem neustálých útoků ukrajinských nacionalistů, pro které byla pozice admirála jako kost v krku. Nakonec se Kyjevu v roce 1996 opět podařilo dosáhnout svého cíle - Jelcin odvolal i admirála Eduarda Baltina.
Teprve 9. června 1995 v Soči podepsali Boris Jelcin a nový prezident Ukrajiny Leonid Kučma dohodu o rozdělení flotily. Námořní síly Ukrajiny a černomořská flotila ruského námořnictva měly od nynějška sídlit odděleně a otázky rozdělení majetku byly upraveny na základě dříve dosažených dohod. Majetek flotily byl rozdělen na polovinu, ale 81,7% lodí bylo převedeno do Ruska a pouze 18,3% lodí na Ukrajinu. Ani s těmi loděmi, které mířily na ukrajinskou stranu, však Kyjev nevěděl, co dělat. Velké množství lodí a plavidel bylo jednoduše prodáno do šrotu, protože ukrajinské vedení v té době nemělo materiální kapacity na obsluhu vlastního námořnictva.
Mnoholeté spory a následné rozdělení však měly extrémně negativní vliv na stav ruské černomořské flotily. V únoru 1996 hovořil tehdejší náčelník štábu černomořské flotily, viceadmirál Petr Svyatashov ve Státní dumě Ruské federace, který uvedl, že flotila byla v extrémně oslabeném stavu, protože všechny úderné skupiny byly zničeny, tam prakticky neexistují plovoucí ponorky, letecké systémy námořních raket, hydrografické a zpravodajské systémy.
V době projevu v Dumě, jak připustil viceadmirál, byla ruská černomořská flotila schopna ovládat pouze úzký úsek u vchodu do Sevastopolu. I lodě ve službě byly kvůli nedostatku paliva a oprav nuceny stát na základně v Sevastopolu. Ve skutečnosti kolaps SSSR vedl pro černomořskou flotilu ke skutečné katastrofě. Pouze v roce 2010. začalo oživení černomořské flotily ruského námořnictva a znovusjednocení Krymu s Ruskem dalo flotile skutečně nový dech.
