Smrt Falešného Dmitrije potíže nezastavila. Občanská válka pokračovala, pokrývala nové země, objevovali se noví podvodníci. V prvním měsíci své vlády musel Vasilij Shuisky potlačit několik pokusů o vystoupení moskevských městských nižších tříd. V Moskvě se obávali, že polský král Zikmund zahájí válku o svržení podvodníka a bití Poláků. Z několika tisíc polských hostů a žoldáků Falešného Dmitrije, kteří přežili květnové povstání v Moskvě, byli proto propuštěni pouze prostí občané a ušlechtilí lidé byli ponecháni jako rukojmí, kteří dostali dobrou údržbu a byli distribuováni pod dohledem v různých městech. Shuisky porušil diplomatickou etiketu a dokonce zadržel Gonsevského polské velvyslanectví v Moskvě.
Tyto obavy však byly marné. Samotné Polsko to mělo těžké. Poláci zahájili válku se Švédskem a dobyli od ní v Livonii město Pernov (Pärnu). Záporožští kozáci v čele s hejtmanem Sagaidachnym navíc provedli řadu úspěšných náletů a vyplenili Kafu a Varnu. To rozhněvalo Osmany a vyhlásili válku Společenství. Je pravda, že hlavní síly turecké armády byly spojeny s válkou s Persií a pomocné jednotky byly vyslány proti Polsku a Poláci útok odrazili. V samotném Polsku vyvolali rozruch někteří magnáti nespokojení s královou politikou. Zemi zachvátila občanská válka. Poláci proto neměli na Moskvu čas.
Moskva tak přehlédla vážnější hrozbu - vnitřní. Koneckonců, problémy, které způsobily potíže, nebyly vyřešeny. A vnější hrozba hrála důležitou, ale ne hlavní roli. Provincie byla pobouřena: Boyar Duma zvolila cara bez potřebné podpory všech zemí. Ukázalo se, že bojarové „dobrého cara“zabili a chopili se moci a trůn předali „carskému carovi“. Provincie se bouřila: hledaný výraz pro uprchlíky byl zvýšen na 15 let; vojáci si pamatovali velkorysé ceny Falešného Dmitrije; obyvatelé jihu se obávali odvety a teroru (jako za Godunova) za pomoc podvodníkovi; starosti s kozáky, kteří aktivně podporovali lháře; Shuisky se zbavil příznivců Falešného Dmitrije a poslal je pryč z hlavního města, mnozí byli posláni do jižních pohraničí.
V létě 1606 zachvátila spontánní povstání celý jih země, který byl rozrušen zvěstmi o „záchraně dobrého cara Dmitrije“. Centrem boje proti novému králi v Severní zemi bylo „hlavní město“prvního podvodníka - Putivla. Zde si povstalečtí měšťané, rolníci, vybrali za „velkého velitele“Ivana Bolotnikova, který k nim přišel s odstupem. Ivan Bolotnikov, podle nejrozšířenější verze, byl nevolníkem prince Telyatevského. V mládí uprchl před svým pánem na step ke kozákům, zde byl zajat Tatary a prodán do otroctví Turkům. Několik let strávil v otroctví, na galejech jako veslař. Po neúspěšné námořní bitvě s křesťanskými loděmi o Turky byl propuštěn a zamířil do Benátek, kde žil v německém obchodním komplexu. Odtud, když Bolotnikov slyšel příběhy o začátku potíží v ruském státě, přesunul se přes Německo a Polsko do Ruska. Pověsti o „zázračném spasení“moskevského cara Dmitrije přitáhly Ivana k Samborovi, kde se moskevský uprchlík Michail Molchanov, bývalý spojenec falešného Dmitrije I. Molchanova, schovával se svou manželkou Jurij Mnishek Yadviga, a představil se jako král. Tento dobrodruh se představil Bolotnikovovi jako car, který uprchl po květnovém převratu v Moskvě. Nový podvodník s Bolotnikovem dlouho hovořil a poté mu dodal dopis princi Grigoriju Šachovskému a poslal ho do Putivlu jako jeho osobní emisar a „velký vojvoda“.
Ve skutečnosti občanská válka vstoupila do aktivní fáze. Bolotnikovova armáda zahrnovala hlavní majetky a sociální skupiny ruského státu: rolníky a otroky, Severska, Tereka, Volhu a Záporožské kozáky, zástupce šlechty. Povstání navíc podpořili zástupci aristokracie, mezi nimi princ Grigorij Šachovskij a Černigovský vojvoda Andrej Telyatevskij, bývalý majitel Bolotnikova.
V létě 1606 bylo 30 tis. Bolotnikovova armáda se přestěhovala do Moskvy. Byly zajaty pevnosti Kromy a Yelets, jejichž bohaté arzenály doplňovaly zásoby rebelů. Vládní jednotky pod velením guvernérů knížat Vorotynského a Trubetskoye byly poraženy u Kromy a Yelets. Mnoho vojáků z carských vojsk přešlo na stranu rebelů. Vzbouřenci využili chyb carských guvernérů a rychle postupovali směrem k Moskvě. Do armády Bolotnikova se vlévalo stále více oddílů vzpurných rolníků. Na cestě do Moskvy se navíc k Bolotnikovovi připojily velké oddíly služebních šlechticů, kteří se postavili proti carovému carovi Shuiskymu. Starší ryazanský guvernér Prokopy Lyapunov a mladší - Grigory Sumbulov, vedli mijazdu Ryazan, stoltsy centurion Istoma Pashkov - velký oddíl služebních lidí. Tula, Kashira, Kaluga, Mozhaisk, Vyazma, Vladimir a Astrachaň se vzbouřili. Na Volze se Mordovci a Mari (Cheremis) vzbouřili a oblehli Nižnij Novgorod.
Rebelové na cestě do Moskvy se přiblížili ke Kolomně. V říjnu 1606 byl Posad Kolomna napaden, ale Kreml dál odolával. Zanechal malou část svých sil v Kolomně a Bolotnikov zamířil po kolomenské silnici do Moskvy. Ve vesnici Troitskoye, okres Kolomensky, se mu podařilo porazit vládní jednotky. 22. října byla Bolotnikovova armáda umístěna ve vesnici Kolomenskoye nedaleko Moskvy. Zde postavil vězení (pevnost) a začal posílat dopisy do Moskvy a různých měst, vyzývat k podpoře legitimního suveréna Dmitrije Ivanoviče a probouzet znevýhodněné a chudé proti bohatým. "Všichni, otroci bojarové, porazte své boyary, vezměte jim manželky a veškerý jejich majetek, statky a statky!" Budete ušlechtilí lidé a vy, kterým se říkalo špióni a bezejmenní, zabíjíte hosty a obchodníky, rozdělujete si mezi sebou bříška! Byli jste poslední - nyní obdržíte bojary, nevyzpytatelnost, vojvodství! Polib všechny kříže na zákonného suveréna Dmitrije Ivanoviče! " Cestu Bolotnikovových vojsk proto provázely hrozné pogromy, lidé na teror děsili hrůzou, bojovali, jako by kolem byli cizí lidé (podobně postupovaly i carská vojska na územích pohlcených povstáním).
Bolotnikovovy milice stále rostly, vyčnívaly z nich oddělené oddíly, převážně od otroků, kteří svými nájezdy a loupežemi udržovali hlavní město ve stavu obležení. V listopadu se k Bolotnikovovi připojili kozáci z Ileiky Muromets. Byl to další podvodník, vydávající se za Careviče Petera Fjodoroviče, který ve skutečnosti nikdy neexistoval jako syn cara Fjodora I. Ivanoviče. Moskvané už byli připraveni poslouchat Bolotnikov, žádali jen, aby jim ukázal Careviče Dmitrije, a dokonce s ním začali jednat. Potěšený Bolotnikov poslal posly do Putivlu. Nechť „car“přijde dříve, vítězství je blízko. Ale Dmitrij se nikdy neukázal. Mnozí začali vyjadřovat pochybnosti o existenci Dmitrije a přešli na stranu Shuisky.
Mezitím Shuisky neseděl a aktivně se připravoval na protiútok. Předměstí a osady Moskvy byly opevněny. Jednotky guvernérů Skopin-Shuisky, Golitsyn a Tatev se usadily u Serpukhovovy brány, odkud sledovaly nepřátelský tábor. Byla navázána komunikace mezi Moskvou a okolními městy, vojska hlídala silnice. V listopadu dorazily posily z Tveru a Smolenska, které byly z velké části tvořeny šlechtici a měšťany. Ve stejné době Shuisky aktivně vyjednával s ušlechtilou částí vzpurného tábora. Lyapunovové a Paškov nenáviděli Shuiskyho, ale báli se vzpoury „rachotiny“.
Bolotnikovova armáda se rozrostla na 100 tisíc lidí (jeho vojska operovala na obrovském území), ale jeho bojové vlastnosti upadly. Mezi rebely bylo mnoho otroků, tuláků, rolníků, kteří neměli bojové zkušenosti, byli špatně ozbrojení a organizovaní. Kozáci a šlechtici - dvě bojová jádra armády, byli opovrhováni. Také se však postavili proti sobě. V důsledku toho došlo k rozkolu v armádě Bolotnikov: jeden tábor tvořili šlechtici a boyarské děti, druhý - otroci, kozáci a další lidé. Ten druhý měl za vůdce Ivana Bolotnikova, ten první - Istoma Pashkov a bratři Lyapunov. Mezi vůdci došlo k neshodám, v důsledku čehož nejprve Lyapunovové a poté Istoma Pashkov přešli na stranu Shuisky. Shuisky mezitím důkladně opevnil Moskvu a vytvořil novou armádu z milicí jiných měst. Shuisky navíc nalákal mnoho šlechticů z tábora Bolotnikov, slíbil jim odměnu a hodnosti.
Když Bolotnikov viděl, že se situace zhoršuje a Shuiskyho síly rostou, rozhodl se zaútočit. 26. listopadu se pokusil zajmout Simonovský klášter, ale byl poražen carskými vojsky pod velením mladého a talentovaného velitele, synovce cara Michaila Skopina-Shuiskyho. V rozhodujícím okamžiku bitvy opustilo tábor vzbouřenců velké šlechtické odloučení Paškova, což rozhodlo o výsledku bitvy ve prospěch carské armády. Bolotnikovova vojska byla zakotvena v táboře Kolomna. Skopin-Shuisky obklíčil Bolotnikovity a začal ostřelovat. Car Vasilij se pokusil dohodnout se samotným Bolotnikovem, slíbil vysokou hodnost, ale vůdce rebelů odmítl jít do míru. Po třech dnech dělostřelecké palby Bolotnikovova pestrá armáda to nevydržela a dala se na útěk. Část kozáků se zmocnila vesnice Zaborie, kde byli 2. prosince rebelové znovu poraženi. Ataman Bezzubtsev kozáci přešli na stranu Skopin-Shuisky. Car Vasily jim odpustil. Zbytek zajatců zajatých v bitvě nebo během letu byl oběšen nebo omráčen holemi, utopen. Bolotnikov uprchl do Serpukhov, a pak Kaluga, Ileika Muromets šel do Tuly.
Rebelové proto nikdy nebyli schopni převzít kapitál. V rozhodující bitvě byli Bolotnikovité poraženi carskými voivody, což bylo usnadněno zradou šlechtických oddílů, které přešly na stranu cara Vasilije Shuiskyho.
V Kaluze shromáždil Bolotnikov asi 10 tisíc lidí. Bylo obleženo carskými vojsky. Hlavním velitelem však byl talentovaný bratr cara Ivana Shuiskyho. V důsledku toho se obléhání Kalugy protahovalo od prosince 1606 do května 1607. Rebelové se umně a zoufale bránili, odrazili útoky, dělali odvážné výpady a způsobili carským jednotkám velké škody. Carští guvernéři se rozhodli spálit dřevěnou pevnost a poté, co zmobilizovali okolní rolníky, začali dodávat palivové dříví, kterým lemovali zdi. Rebelové však tento plán uhodli a vyhodili do vzduchu „zametání“, přičemž zabili a zmrzačili velké množství carských válečníků. V této době se další rebelové pokusili Kalugu odblokovat, ale byli poraženi. Odtržení Mezetského, zaslané Shakhovským z Putivlu na záchranu Bolotnikova, bylo poraženo armádou Ivana Romanova na řece. Vyrke.
Později se vojska Telyatevského a Pseudo-Petera pokusila prorazit k Bolotnikovovi. 1. května 1607 porazili donští a ukrajinští kozáci carská vojska na řece Pchelna. Využití zmatku mezi obléhací armádou, Bolotnikov udělal výpad a porazil carské guvernéry, kteří ustoupili, opustili dělostřelectvo a vlak se zavazadly. Část carských vojsk přešla na stranu rebelů. Pouze Skopin-Shuiskyho pluk se stáhl v naprostém pořádku. Poté se Bolotnikov přestěhoval do Tuly, kde byla silnější kamenná pevnost, a spojil se s dalšími oddíly rebelů.
Poté Bolotnikov zahájil 2. tažení proti Moskvě. Car Vasily však nečinně seděl. Byla vyhlášena mobilizace „tribute“lidí („tribute“- bojovníků povolaných z měšťanů a rolnických komunit) po celé zemi a osobně vedl velkou armádu, která se formovala v Serpuchově. Centra povstání se postupně drtila. Vzbouřenci byli vyhnáni zpět z Nižního Novgorodu. A. Golitsyn porazil Telyatevského poblíž Kashiry. Vzhled nějakého neznámého Petra místo očekávaného „dobrého cara“Dmitrije, který rozpoutal hrůzu proti protivníkům, mnohé ochladil, vzpurná města se uklidnila, přinesla doznání. V květnu se carská armáda přesunula k rebelům. Tažení se zúčastnil sám car a jednotlivým plukům velel Michail Skopin-Shuisky, Petr Urusov, Ivan Shuisky, Michail Turenin, Andrei Golitsyn, Prokopy Lyapunov a Fjodor Bulgakov.
Bolotnikovité se pokusili obejít hlavní síly carské armády a vydat se do Moskvy, ale když obcházeli Kaširu, rebelové narazili na bok carské armády u řeky Vosma. 5.-7. června 1607 se odehrála bitva. Bolotnikovité měli výhodu v síle - 30-38 tisíc vojáků. Guvernér Tuly však zradil Bolotnikov a se 4 tisíci. odtržení přešlo na stranu carských vojsk. A Lyapunovovy Ryazanské oddíly vstoupily do týlu Bolotnikovovy armády. To způsobilo paniku mezi Bolotnikovity a oni ustoupili. Část Bolotnikovových vojsk byla odříznuta a zajata, vězni byli popraveni. Po bitvě u Vosemsku byla Bolotnikovova armáda zahnána zpět do Tuly.
Car Vasily Shuisky poslal pro Bolotnikov několik pluků v čele s Michailem Skopin-Shuisky. Na okraji Tuly se Bolotnikov rozhodl bojovat na řece Voronya, rebelové se uzavřeli patkami a na dlouhou dobu odrazili nápor carské jízdy. Obě strany utrpěly těžké ztráty. Lukostřelci však provedli manévr na kruhovém objezdu, Bolotnikovité mávli rukou a utíkali, mnozí byli během pronásledování zabiti. Bolotnikov v těchto bitvách ztratil polovinu svých vojáků - asi 20 tisíc lidí. Se zbytkem se zamkl v Tule. Bolotnikov tedy utrpěl rozhodující porážku a ztratil strategickou iniciativu.
30. června se k Tule přiblížil sám car Vasilij s hlavní armádou. Současníci uváděli, že carská armáda čítala 100–150 tisíc lidí. Bolotnikovovi a „Carevičovi Petrovi“nezbylo více než 20 tisíc lidí. Obléhací zbraně začaly ostřelovat město z obou břehů. Tula však měla silné opevnění a Bolotnikovovi zůstalo nejefektivnější jádro rebelů. Proto obléhali až do října 1607. V raných fázích obléhání obránci města dělali výpady a statečně bránili. Všechny pokusy carských guvernérů dobýt město útokem se ukázaly jako neúspěšné.
Poté se carská vojska na myšlenku Muromova syna bojara Ivana Krovkova rozhodla zablokovat řeku Upu pod městem přehradou, aby byla Tula zaplavena. Na pravém bažinatém břehu byla postavena přehrada o velikosti asi půl míle, která měla zabránit tomu, aby řeka při podzimní povodni nevytekla do nížin, ale aby způsobila prudký vzestup hladiny. Podzimní povodeň skutečně zcela odřízla město od okolního světa a proměnila jej v bažinatý ostrov uprostřed zcela zaplavené pláně. Mnoho munice bylo poškozeno, stejně jako zásoby obilí a soli uložené ve sklepích. V Tule brzy začal hrozný hladomor a epidemie, což ještě zhoršilo vnitřní rozpory mezi rebely. Rebelové se pokusili vyhodit do vzduchu přehradu, ale stejný Kravkov varoval Shuiskyho a pokus selhal.
Bolotnikov během obléhání poslal posly k Michailovi Molchanovovi a Grigoriju Shakhovskému více než jednou, ale bez úspěchu. A car Vasily čelil nové hrozbě. Objevil se nový podvodník - Falešný Dmitrij II., Kterému se již podařilo zmocnit se Severschchiny, Brjanské a Verchovské země. Bolotnikovovi bylo nabídnuto jednání o podmínkách kapitulace města. Shuisky slíbil, že zachová svobodu vůdců a účastníků povstání. Dosažená dohoda byla zpečetěna slavnostní přísahou a 10. října 1607 Tula otevřela brány carské armádě.
Car Vasily oklamal vůdce povstání. Shuisky pospíšil oznámit, že odpuštění se vztahuje pouze na obyčejné „vězně Tula“, a ne na vůdce povstání. Tulyakové byli opravdu omilostněni, vzpurní šlechtici vystoupili s exulanty. Shakhovsky byl tonzurován mnichem. „Tsarevich Peter“byl oběšen. Bolotnikov byl poslán do Kargopolu a tajně se utopil. Do měst bylo posláno mnoho obyčejných rebelů a ti, kteří skončili v Moskvě, bez hluku a prachu, byli uškrceni.
Moskevská vláda tedy uhasila rolnickou válku mobilizací prakticky všech rezerv a terorem reagovala hrůzou. Shuisky, který rozpustil většinu armády a myslel si, že nepokoje se blíží ke konci, se přepočítal. Všechno jen začínalo. Objevil se druhý Falešný Dmitrij, ke kterému se přidaly zbytky bolotnikovitů. Polsko se opět aktivovalo.
