Vedení armády a námořnictva se stalo prvořadým úkolem při organizaci bojových prací během války se Švédskem. Vrchní velení mělo své vlastní kódy pro komunikaci s králem a vzájemnou korespondenci. Šifrování se navíc ve většině případů nezabývalo speciálně vyškolenými lidmi, ale přímo suverénem a generály různých hodností. Archivy obsahují kódované dopisy od Petra I. admirálovi Apraksinovi, knížatům Šeremetěvovi, Menšikovovi, Repnínovi a také generálům, brigádníkům a dalším vojenským hodnostem. Stojí za připomenutí, že většinu šifer král vyvinul sám, přičemž upřednostňoval šifry ve francouzštině. Obecně byla v té době válečná korespondence chráněna šiframi v různých jazycích- ruštině, němčině a zmíněné francouzštině. Někdy tento mnohojazyčnost vedl k vtipným incidentům. "Nemohou číst francouzská digitální písmena, takže nevím, co jim mám odpovědět … Prosím … pokud ano, prosím, odpovězte mi na všechny mé dopisy s německými čísly, protože té Francouzce nikdo nerozumí": GI Golovkin obdržel takovou zásilku nějak od rakouského polního maršála-generálporučíka barona Georga Benedicta von Ogilvy, který sloužil v Rusku.
Baron Georg Benedict von Ogilvy
Později Ogilvy napsal Petrovi I. poměrně kategorickým způsobem: „… není tu nikdo, kdo by rozuměl vaší francouzštině, protože Ren kvůli tomu ztratil klíč … Napište mi prosím prostřednictvím mých čísel, abych mohl rozumět. Peter v reakci na takovou kritiku reaguje na své podřízené: „Napsali vám francouzskou abecedu za to, že žádná jiná neexistuje. A ten, který jsi poslal jako první, a ten není dobrý, není tak dobrý jako obyčejný dopis, čest je možná. A když poslal další, od té doby vám s ním píšeme, a ne ve francouzštině. A francouzský klíč byl také odeslán. “Pozorný čtenář si jistě všiml, že Petr I. poprvé v ruské historii zmínil kryptoanalytické hodnocení síly šifer. Ve skutečnosti se v této době zrodila ruská škola kryptoanalýzy, která bude mít dlouhou a slavnou historii.
Kromě incidentů s překlady šifer existovaly také složitější situace, kdy dekódování nebylo možné kvůli elementárnímu nedostatku klíčů. Jednou Petr I. svým obvyklým způsobem napsal a zašifroval dopis vlastní rukou prince Repnina, který byl v té době na frontě. Repin ale buď ztratil klíče od královské šifry, nebo je zpočátku vůbec neměl. Generál Renne, princův spojenec na bojišti, se před carem na tuto věc omluvil: „Nejpokojnější, Nejvíce vládnoucí car, Nejmilosrdnější panovník. Ve vší poslušnosti vašemu Nejsvětějšímu Veličenstvu vás informuji: včera jsem prostřednictvím praporčíka vyslaného od pluků vašeho Nejsvětějšího Veličenstva Smolenska obdržel lišaj v postavách, podle kterého budeme osvětlovat generála prince Nikitu Ivanoviče Repnina. Jen moje smůla je v tom, že klíče byly zaslány tomu Lichbovi ve vagónu. Prosím, Vaše Nejsvětější Veličenstvo, abychom přikázali poslat klíče, a my, i když nebudeme mít klíče, dokud budeme moci myslet a podle nařízení Vašeho Nejsvětějšího Veličenstva budeme jednat, také jeden druhého neopustíme.."
Všechno výše uvedené je spíše výjimkou, která pouze potvrzuje pravidlo - za cara Petra I. bylo šifrování zpráv pro armádu a námořnictvo řádně nainstalováno. Zejména byla vyvinuta a dodržována přísná bezpečnostní opatření. Klíče k šifrám se tedy předávaly pouze z ruky do ruky. Například klíče pro korespondenci s carem bylo možné získat pouze od Petra I. osobně. Ve výjimečných případech lze klíč samotný nebo jeho části získat kurýrem. Byly předem zabaleny do speciálních obálek, zapečetěny několika voskovými pečetěmi a musí být uvedeno jméno kurýra. Po obdržení takového přísně tajného dopisu musel korespondent informovat o bezpečném převzetí klíčů a teprve poté začal fungovat komunikační kanál.
Uprostřed války se Švédskem, v roce 1709, měl jistý Polonsky za úkol bedlivě sledovat pohyby jednotek šéfa Bobruisk a bránit jeho spojení se švédským sborem Crassau. A musel se hlásit Petrovi I. pomocí šifer. Car o tom napsal: „Současně vám posíláme klíč, a pokud mu tento odeslaný dobře vyhovuje, a napište nám o něm, abychom mohli s tímto klíčem napsat a odeslat potřebná písmena v budoucnu. Taková je dvojí kontrola ze strany panovníka nad nově příchozími vlastenci. Tady se ale skrývá nějaká naivita Petra I. - v té době už byla anonymní perlustrace poštovních zpráv na docela vysoké úrovni. A pokud by některé síly opravdu chtěly číst zprávy pomocí šifrovacích klíčů, udělaly by to. Samozřejmě to nebylo snadné a bylo to spojeno s velkými obtížemi. Je zajímavé, že stejná jednotka může mít různé šifry pro různé lidi a různé účely. Je známo, že Peter I. nijak zvlášť nedůvěřoval generálporučíku Ogilvymu z Rakouska a dokonce pro něj vybavil A. I. Repnina, který měl sledovat úroveň loajality najatého velitele. Pro tak důležitý úkol poskytl car „pozorovateli“speciální šifru a potrestal ho: „V tomto případě vám je abeceda zaslána speciálními písmeny a vyobrazenými jmény, proti kterým budete ve správný čas kvůli blahosklonnosti nám to napište v abecedním pořadí. “Seržant Kikin z Preobrazhensky pluku byl zapojen do podobné práce pod generálem Georg-Gustav Rosen v roce 1706.
Skutečným úspěchem éry Velké severní války byla ruská nejednoznačná náhradní šifra, která je znázorněna na obrázcích. V této šifře se jako znaky používají písmena a dvoupísmenné digramy ruské abecedy.
Ruská šifra různě hodnotné substituce a její adaptace na moderní abecedu
Roku 1708 byla vyvinuta (zjevně samotným králem) zvláštní pravidla používání, která uváděla: „Tato slova by měla být psána bez oddělení a bez teček a čárek a místo teček a čárek a oddělovacích projevů pište z níže uvedených písmen. Doplňkem byl slovník obsahující jména státníků a slavných geografických objektů. Důležité objasnění - jména a zeměpisné objekty pocházely z území, na kterém se bojovalo s nepřátelstvím. O dodatku to bylo samostatně projednáno v pravidlech: „Pokud se náhodou stane, že napíšete níže uvedené osoby jména a tak dále, pak napíší takové znaky jako proti každému označenému, napíše však vše úplně, nikam neodejde a vložte mezi ně zmíněná písmena, která nic neznamenají “.
Vědecko-kryptanalytik, kandidát technických věd Larin ve svých článcích uvádí příklad šifrování slova „Poltava“, kdy výsledkem je „Otkhisushemekom“. V souvislém šifrovém textu je většina souhlásek šifrována jako slabika, přičemž každá souhláska je zapojena výhradně do jedné slabiky. Ale i zde existují jemnosti - výjimky tvoří písmeno „F“bez slabiky a souhláska „Z“, která se používá jak ve slabice „ZE“, tak v jediném provedení. Všechny samohlásky jsou většinou bez slabik, výjimkou jsou pouze „A“a „I“, které lze rovněž zahrnout do slabik „AM“a „IN“. Přirozeně jsou takové šifry bezpečnější než „klasická“jednoduchá náhrada, ale jsou citlivé na chyby v kódování - jak na nahrazení požadovaného písmena jiným písmenem, tak na vynechání či vložení dalšího písmene.